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为了证明可以到达木卫二（木星的月亮），四名宇航员必须在地球外的空间站停留1000天。在此期间，地球上的一次重大地铁爆炸事故，让其中一位航空员的儿子受了重伤，顿时让所有人心中产生了焦虑和不安的感觉。此次经历进行一切正常，直到有一天他们所在的星球上发生了一些事情，情况发生了改变。航空员之间开始产生分歧，甚至受到成员的威胁。有人惶恐不安，有人归心似箭，有人想留在外太空坚守任务。他们能否安全返回呢，能否顺利完成任务呢？

世代研究医术的神木族少年木星尘，救下误闯领地的医药世家之女叶云裳，为逃避皇族内斗而随她一起来到民国乱世，却遇上罕见瘟疫，木星尘凭借青囊术拯救了众生和本族，经历各类诱惑与爱情的考验，最终成为一代医尊，最后他放弃王位，和爱人叶云裳云游人间，济世众生。

在全宇宙可以自由通航的未来，在木星举办的竞技真人秀风暴法米拉大赛风靡太阳系，而这一届的冠军之争将在麦当与极光之间展开。

2011年，从一个约定开始。2017年，这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行，这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机，矛盾重重，生死一线，麦当一行能否突出重围？

被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战”　　一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。　　在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。　　跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。

宇宙世紀 0087 年、地球圏の戦乱は混迷を極めていた。連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦の最中、エゥーゴを指揮する立場となったクワトロ（シャア）、ティターンズを我が物にしようと目論む“木星帰りの男”シロッコ、そして「ザビ家」復興を掲げるジオン軍残党“アクシズ”の指導者ハマーン・カーン。三つの勢力の地球圏の覇権を賭けた、政略と軍略が絡み合い、戦局は、巨大レーザー砲へと改造されたスペースコロニー、グリプス２を巡る最終局面へと突き進んでいく。　　戦場では、人々の愛情と憎しみが交錯する。エゥーゴを離れ、ティターンズのシロッコの下へ身を寄せる女レコア。シロッコを慕いながらも、エゥーゴのカミーユたちに惹かれる少女サラ。そんな人々の想いを受け止め、Ｚガンダムは、混迷の戦場を飛ぶ。　　そして、ついにカミーユは知る。Ｚガンダムの持てる力で倒すべきは誰なのかを――。戦火の果てにカミーユを待ち受ける運命は !